Evoluutiobiologit rakentelevat eliölajien sukupuita fossiilien lisäksi myös molekyylien perusteella. Mutta mitä enemmän asioita on tutkittu, sitä selkeämmäksi on tullut, että molekyylisukupuut eivät todista evoluutioteoriaa oikeaksi, vaan pikemmin falsioivat eli todistavat sen vääräksi.
Kirjassa Evoluutio - kriittinen analyysi (v. 2000 painos) sanotaan sivulla 163 "Mitä enemmän proteiini- ja DNA/RNA-sekvenssejä on analysoitu, sitä monimutkaisemmaksi on tullut niiden perusteella laadittujen sukupuiden rakentaminen. Kertyneen valtavan sekvenssitiedon tulkitseminen tulee yhä vaikeammaksi." Tämän jälkeen kirjassa kerrotaan miten eroavuusmatriisi muodostetaan ja todetaan sitten "Tälläinen eroavuusmatriisi on vielä vapaa tulkinnoista. Yleensä näin ei kuitenkaan ole. Havainnollistamme tätä kahden erimerkin avulla. Selkärangaisten sytokromi c on 8 aminohappoa lyhyempi kuin kasvien. Evoluutionäkemyksen mukaan tämän tulkitaan johtuvan mutaatioista - mutta kuinka monta eroavaisuutta täytyy nyt ottaa eroavuusmatriisiin? Jos kasvien sytokromi oli alkuperäinen ja eläinten syntynyt deleetion kautta, riittäisi muutokseen yksi mutaatio. Jos sitä vastoin eläinten sytokromi on vanhempi kuin kasvien, olisi kasvien sytokromi voinut syntyä porrasmaisesti lisäämällä yksi tai useampi aminohappo kerrallaan. ... päätöstä otetaanko 8 vai 5 vai 1 mutaatio mukaan, ei voi tehdä aminohapposekvenssin perusteella."
Ylläolevan jälkeen sivulla 163 kerrotaan seriinin korvautumisesta lysiinillä kahden mutaation kautta yms, ja lopuksi todetaan "...voidaan ottaa mukaan korjaustekijöitä, joiden avulla korjataan aminohapposekvenssistä johdettu eroavuustaulukko. Usein otetaan mukaan vielä lisäkorjaustekijät, jotta voitaisiin ottaa huomioon oletetun pitkän evoluution aikana tapahtuneet moninkertaismutaatiot (useat peräkkäiset pistemutaatiot proteiinin samassa kohdassa) ja palautumismutaatiot. Koska proteiinisukupuiden rakentamisessa evoluutio on lähtökohtaoletus, ei tämä menetelmä voi olla evoluutioteorian riippumaton todiste."
Sivulla 164 on allaoleva kuva (9.13):
Kuvan selitystekstissä todetaan "Vasemmalla on kuvattu joidenkin kasvien sukupuu sen mukaisesti kuin se on oletettu morfologisten, anatomisten ja paleontologisten havaintojen perusteella. Todellisuudessa yhtään välimuotoa ei ole todistettu fossiilien avulla (..) Kuvan oikeassa puoliskossa on esitetty vertailun vuoksi ferrodoksiinisukupuu, jonka asteikkona on korjatut aminohappoerot" (Käänsin kuvaa lukemisen helpottamiseksi 90 astetta oikealle, joten vasen tarkoittaa kuvan yläosaa ja oikea alaosaa)
Sivulla 164 kerrotaan lisää ongelmista ja jatketaan sitten "Sukupuiden laskemisen metodisten ongelmien lisäksi tulee jatkuvasti esille myös ristiriitaisia tuloksia. Tarkastelemme esimerkkinä erästä sukupuuta, joka rakennettiin eri ferrodoksiinien aminohapposekvenssien perusteella. Ferrodoksiini on, samoin kuin sytokromi c, vesiliukoinen elektroneja kuljettava proteiini, jossa on noin 100 aminohappoa. Se sijaitsee fotosynteettisen elektroninkuljetusketjun lopussa." Tuon jälkeen tekstissä viitataan kuvaan 9.13 ja selitetään sukupuiden eroja.
Sivulla 165 todetaan mm "Ferrodoksiini ei ole mikään yksittäistapaus. Samankaltaisia suhteita esiintyy kasvien sytokromi c:ssä, levien sytokromi c:ssä, lintujen hemoglobiinissa, levien ja kasvien plastosyaniineissa, eläinten relaksiineissa ja insuliineissa ja monissa muissa tapauksissa. Tässäkin tapauksessa havaitaan, että tulosten määrän kasvaessa evoluutioteorian mukaiset tulkinnat ovat yhä vaikeampia ja ne tarvitsevat yhä enemmän lisähypoteeseja tuekseen. Ferrodoksiinin tapauksessa ei ole edes esitetty sellaista lisähypoteesia, jonka avulla näitä tosiasioita voitaisiin ristiriidattomasti soveltaa evoluutiomalliin. Monista koetulosten perusteella lasketuista proteiinisukupuista pidetään niitä oikeina, jotka klassisen käsityksen mukaan näyttävät oikeilta, muita pidetään (monesti epäsuorasti) väärinä. Tällaisten ristiriitaisuuksien takia eivät proteiinisukupuut sovellu evoluutionäkemyksen objektiiviseksi tukipilariksi..."
Proteiinisukupuut eivät, joitakin poikkeuksia lukuunottamatta, muodosta evoluutioteorian edellyttämää sukupuuta. Sen sijaan kreationistisen rappeutumisteorian pohjalta voidaan odottaa, että eri molekyyleistä saadaan erilaisia "sukupuita" eli mitään sukupuuta ei oikeasti ole olemassa, holobaraminit on luotu erikseen.